Der abgeschiedene Planet Naboo wird von der Handelsföderation, einem galaxisweiten Großunternehmen, blockiert, um gegen erhöhte Handelszölle zu protestieren. Insgeheim steht die Führung der Handelsföderation in einem Bündnis mit einem gewissen Darth Sidious, der auf galaktischer Regierungsebene seine schützende Hand über diese Rechtsbrüche zu halten scheint. Daraufhin entsendet der Kanzler des Galaktischen Senats einen Jedi-Meister und seinen Schüler (Qui-Gon Jinn und Obi-Wan Kenobi) aus, um in dem Konflikt zu vermitteln. Von Sidious aufgefordert, besetzt die Handelsföderation den Planeten mit ihrer Droidenarmee. Die beiden Jedi können zusammen mit Padmé Amidala, der Königin des Planeten, fliehen. Da der Hyperraumantrieb ihres Raumschiffs während der Flucht beschädigt worden ist, müssen sie jedoch auf dem abgelegenen Wüstenplaneten Tatooine landen.

Auf Tatooine gelten die Gesetze der Galaktischen Republik nicht und Sklavenhaltung ist an der Tagesordnung. Qui-Gon versucht Ersatzteile für sein Raumschiff zu erwerben, aber der Schrotthändler Watto, der im Besitz dieser Ersatzteile ist, klärt ihn darüber auf, dass die republikanischen Zahlungsmittel auf Tatooine wertlos sind.

Während eines plötzlichen Sandsturms finden die Reisenden Unterkunft bei Anakin Skywalker, dem neunjährigen Sklaven Wattos, und seiner Mutter. Anakin schlägt dem Jedi vor, dass er in einem Podrennen für ihn starten und so die benötigten Ersatzteile gewinnen könnte. Ein Podrennen ist ein Wettkampf mit bis zu 900 km/h schnellen Kapseln, die von zwei (oder mehr) Antriebseinheiten gezogen werden. Qui-Gon, der die außergewöhnliche Begabung Anakins spürt, geht auf den Vorschlag ein. Er wettet mit Anakins Besitzer Watto um die benötigten Ersatzteile und die Freiheit des Jungen. Anakin Skywalker gewinnt das Rennen und ist damit frei.

Qui-Gon bittet ihn, mit ihm zu kommen, um sich einer Jedi-Ausbildung zu unterziehen. Beim Abflug zur Hauptwelt der Republik, Coruscant, wird Qui-Gon von einem merkwürdigen dunklen Krieger namens Darth Maul, der von seinem Lehrer Darth Sidious entsandt wurde, angegriffen und es gelingt ihm nur knapp zu entkommen.

Auf der Zentralwelt angekommen, beginnt Amidala damit, die benötigte politische Unterstützung für ihren Planeten zu sammeln, während Qui-Gon Anakin dem Rat der Jedi vorstellt. Dieser erkennt zwar Anakins außerordentliche Begabung, widerspricht aber der Ausbildung, weil er zu alt sei und schon zuviele negative Gefühle in sich trage. Während ihres Aufenthalts auf der Zentralwelt erfährt Amidala von einem mit ihr zusammen gereisten Gungan mit dem Namen Jar Jar Binks, von der großen Streitmacht der Gungans. Daraufhin beschließt sie, nach Naboo zurückzukehren, da sie bemerkt, dass der Senat fast ausschließlich mit korrupten Politikern besetzt ist.

Auf Naboo angekommen, berät sich Amidala mit dem Anführer der Gunganer, Boss Nass. Trotz der langen Feindschaft zwischen Menschen und Gunganer willigt er ein, Amidala zu helfen, da die Droidenarmee der Handelsföderation die Gungans aus ihrer Hauptstadt vertrieben hat. Der Plan der Königin ist einfach: Während die Gungans einen Ablenkungsangriff auf Theed, die Hauptstadt von Naboo unternehmen, will sie zusammen mit einigen Untergrundkämpfern in den Palast eindringen und den dort regierenden Vizekönig der Handelsföderation, Nute Gunray, gefangen nehmen.

Als die Widerstandskämpfer in der Hauptstadt ankommen, treffen sie den dunklen Kämpfer von Tatooine wieder. Die Jedi trennen sich von den anderen, um es mit ihm aufzunehmen. Amidala und ihre Truppen dringen in den Palast ein. Dort wird die jedoch gestellt, doch der Vizekönig lässt sich durch ihr Double ablenken, sodass Amidala ihn schließlich gefangen nehmen kann. Unterdessen versteckt sich Anakin in einem Raumjäger-Cockpit und löst aus versehen den Autopiloten aus, der ihn in den Weltraum zum Kontrollschiff der Handelsföderation trägt, welches gerade von anderen Raumjägern der Naboo angegriffen wird. Durch Zufall und großes Glück gelingt es ihm, dieses zu zerstören und damit die Droidenarmee zu deaktivieren. Beim gleichzeitig stattfindendem Kampf der beiden Jedi mit dem dunklen Kämpfer stirbt Qui-Gon, doch sein Schüler Obi-Wan entscheidet den Kampf für sich.

Es stellt sich heraus, dass der dunkle Kämpfer ein Sith, ein Mitglied eines Gegenordens der Jedi war, von dem man glaubte, dass er seit 1000 Jahren ausgestorben sei. Yoda und Mace Windu sinnen besorgt darüber, welcher wohl starb: der Meister oder der Schüler. Wegen seines Mutes im Kampf gegen den Sith erhält Obi-Wan den Rang des Jedi-Ritters und die Erlaubnis, Anakin Skywalker zu einem Jedi auszubilden.